沼氣池在運行中，應視不同的原料（人畜禽糞便、秸稈）定期、不定期的進行混合攪拌，理論上稱做持續動態發酵。經常攪拌沼氣池的發酵原料，能使原料與沼氣細菌充分接觸，促進沼氣細菌的新陳代謝，使其迅速生成繁殖，提高產氣效率；可以打破池內上層結殼，使中下層所產生的附著在發酵原料上的沼氣，由小氣泡累積成大氣泡，并上升到氣箱內；可以減少發酵死角，使養料分布均勻促進沼氣細菌生活環境不斷更新，有利于它們獲得新的養料。

適當的攪拌方法和強度，增強微生物與原料的接觸，使之獲得營養物質機會增加，活性增強，生產繁殖旺盛，從而提高產氣量。經常攪拌后，可使產氣量提高35%～50%以上。    

如不經常攪拌發酵原料，還會在沼氣池底部逐步形成結塊固化結層，縮小沼池容積并造成抽吸出料的困難。

沼氣工程的混合攪拌就是將厭氧消化罐內料液混合均勻，消除厭氧消化罐內物料系統中溫度和濃度的差異。在沼氣發酵過程中使用混合攪拌裝置能起到以下作用：

1.沼氣池使用攪拌器可以產生均勻的組成，使新舊物料混合均勻，使微生物與原料充分接觸，促進生化反應進行。

2.沼氣發酵攪拌器可以使固體物質在料液中分散、懸浮，增加與微生物的接觸面積，促進這些物質的消化，同時防止沉積和結殼。

3.沼氣池用攪拌器可使罐內液體流動，從而可以減薄或消除已形成的結殼層，便于沼氣溢出。

4.使用攪拌器可以消除罐內濃度、溫度不均勻現象，是生化反應正常進行。

5.改變物料中物象的關系。